Zijn fraaie handschrift trok de aandacht en geïnspireerd door de zeegezichten van Willem van de Velde de Oude begon hij met pen op paneel te tekenen. Hij vervolmaakte zijn vaardigheden met olieverf en werd fulltime kunstenaar met misschien Allart van Everdingen maar vooral Hendrick Dubbels als leermeester. Hij werkte samen met Bartholomeus van der Helst. Al snel werd Bakhuizen internationaal beroemd vanwege zijn prachtige zeegezichten.
Over Bakhuizen wordt gezegd dat hij bij slecht weer vaak het water op ging om de weersinvloeden op lucht en water van nabij te volgen. Door de sfeer van zijn schilderijen en zijn licht- donkercontrasten wordt hij gezien als een voorloper van de romantiek. Niet alleen schilderde hij veel woeste zeeën maar hij maakte ook afbeeldingen van havengezichten en belangrijke gebeurtenissen uit de Hollandse maritieme geschiedenis.